Sprzątający ninja
Funkcja Menedżer autostartu pozwala zarządzać aplikacjami uruchomianymi podczas startu systemu i zadań zaplanowanych.
Funkcja Menedżer procesów umożliwia przeglądanie procesów działających aktualnie w tle i zamykanie nawet wielu pozycji jednocześnie.
Funkcja Narzędzia dodatkowe zawiera domyślnie jedynie specjalny analizator dostarczający szczegółowych informacji o wybranym pliku, np. jego lokalizacji, dacie utworzenia i modyfikacji czy sumie kontrolnej. Tę funkcję docenią przede wszystkim zaawansowani użytkownicy.
Istnieje też możliwość doinstalowania do programu System Ninja kolejnych dodatków (pluginów), jak np. Registry Cleaner, pozwalający na szybkie oczyszczenie rejestru systemowego ze zbędnych wpisów: Registry Cleaner.
